המינוח של כימיקלים אורגניים

בעבר, החומר האורגני הידוע התקבל מבעלי חיים וצמחים ומאורגניזמים אחרים, ולכן סוג זה של תרכובות נקרא חומר אורגני. עד שנות ה-20 של המאה ה-20, מדענים עשו סינתזה מלאכותית של חומרים אורגניים רבים עם חומרים אנאורגניים, כגון אוריאה [CO(NH2)2], חומצה אצטית (CH3COOH), שומן וכן הלאה, ובכך שברו את התפיסה לפיה ניתן להשיג חומרים אורגניים רק מ האורגניזם. עם זאת, מסיבות היסטוריות ומקובלות, אנשים עדיין משתמשים בשם חומר אורגני.
המונח ההיסטורי "אורגני" מתוארך למאה ה-19, כאשר ויטליסטים האמינו שניתן לבצע סינתזה ביולוגית של תרכובות אורגניות בלבד. תיאוריה זו מבוססת על ההבדל הבסיסי בין חומר אורגני ל"אי-אורגני", חומר אנאורגני אינו מסונתז על ידי חיוניות. אבל מאוחר יותר תיאוריה זו בוטלה, בשנת 1828, הכימאי הגרמני פרידריך ווהלר (פרידריך ווהלר) בפעם הראשונה עם סינתזה אמוניום ציאנאט אנאורגנית של חומר אורגני - אוריאה {CO(NH2)2}. עם זאת, תגלית חשובה זו לא הוכרה מיד על ידי כימאים אחרים, כי אמוניום ציאנט טרם הוכן אנאורגני. רק לאחר ש-H.Kolbe סינתזה חומצה אצטית (CH3COOH) ב-1844, וברטלוט (MB erthelot) סינתזה שמנים ושומנים ב-1854, נכנסה הכימיה האורגנית לעידן הסינתטי, ומספר רב של חומרים אורגניים סונתזו בשיטות מלאכותיות.
לבני אדם יש היסטוריה ארוכה של שימוש בחומרים אורגניים, וכמה תרבויות עתיקות בעולם שולטות זה מכבר בטכנולוגיה של ייצור יין, ייצור חומץ וייצור קרמל. מתועד כי כמה חומרים אורגניים טהורים יחסית, כגון חומצה גאלית, אקוניטין ומניטול, הופקו בסין העתיקה. בסוף המאה ה-16, מערב אירופה ייצרה אתר, אתיל חנקתי, כלורואתן וכן הלאה. מכיוון שהחומרים האורגניים הללו הם במישרין או בעקיפין מבעלי חיים וצמחים, אז באותו זמן, אנשים רק מבעלי חיים וצמחים כדי לקבל חומרים הנקראים חומר אורגני.
התפתחות החומר האורגני הסינטטי הבהירה כי אין גבול ברור בין חומר אורגני לחומר אנאורגני בפיזיקה, אך ישנם כמה הבדלים בהרכבם ובתכונותיהם. מבחינת הרכב, כל החומר האורגני מכיל פחמן, בעיקר מימן, ואחריו חמצן, חנקן, הלוגנים, גופרית, זרחן וכו', ולכן החלו כימאים להגדיר חומר אורגני כפחמימנים ונגזרותיהם. בטבע, תגובות בכימיה אורגנית נוטות לערב רק קבוצות תפקודיות ספציפיות, ומשאירות את שאר המולקולה "בצד"; לתגובות אנאורגניות מורכבות יש פחות או יותר כל אטום במולקולה שתורם לתגובה.